Die Stadt Philippsburg besteht aus den drei Stadtteilen Huttenheim (2.487 Einwohner), Philippsburg (7.369 Einwohner) und Rheinsheim (2.740 Einwohner). Die räumlichen Grenzen der Stadtteile sind identisch mit den früheren Gemeinden gleichen Namens, ihre offizielle Benennung erfolgt in der Form „Philippsburg Stadtteil …“. Die Stadtteile bilden zugleich Wohnbezirke im Sinne der baden-württembergischen Gemeindeordnung. In den Stadtteilen Huttenheim und Rheinsheim sind jeweils Ortschaften im Sinne der baden-württembergischen Gemeindeordnung mit jeweils eigenem Ortschaftsrat und Ortsvorsteher als dessen Vorsitzender eingerichtet.
Zum Stadtteil Huttenheim gehören das Dorf Huttenheim und das Haus Insel Elisabethenwörth. Zum Stadtteil Philippsburg gehören die Stadt Philippsburg, die Höfe Mittelhof, Schönborner (Neudorfer) Mühle und Unterhof und die Häuser Am Waldweg, Engelsmühle, Fischkutter, Garnisonsmühle, Rheinwärterhaus und Torflager. Zum Stadtteil Rheinsheim gehört das Dorf Rheinsheim.